影片讲述忍者神龟四兄弟在远离人类世界多年之后,决定主动出击,希望能够靠他们的英勇事迹赢得纽约人民的心,并获得他们的接纳,成为正常的青少年。新朋友艾普尔也前来协助他们扳倒一个神祕的犯罪集团,但是当对方派出一支变种军团,他们很快发现根本就是自不量力。在本片中,终极反派宇宙大帝从天而降,驱使以天灾为首的恐惧兽掀起地球危机。绝境之中,蛰伏许久的巨无霸(兽形金刚)终觉醒,联合以擎天柱为首的汽车人们变形出发,一场前所未有的决战即将上演。故事的重头戏设置在世界七大奇迹之一的秘鲁马丘比丘,地球上还要什么地点是变形金刚们不能打上一架的呢?